Klubben blev grundlagt i 1899 som Turnverein Hoffenheim. I 1945 fusionerede klubben med Fußballverein Hoffenheim under det nuværende navn.

I mange år lå klubben meget langt nede i rækkerne. I 1990, mens klubben lå i syvendebedste række, investerede entreprenøren Dietmar Hopp, grundlægger af it-giganten SAP, store beløb i sin barndomsklub. På grund af denne pludselige pengestrøm rykkede TSG Hoffenheim hastigt op gennem rækkerne. I 2001 blev det således til oprykning til Regionalliga Süd.

I 2006 blev den tidligere VfB Stuttgart- og Schalke 04-træner Ralf Rangnick præsenteret som ny cheftræner, og med ham ved roret rykkede klubben efter et år op i 2. Bundesliga for første gang i klubbens historie. Samtidig skiftede man kaldenavn fra TSG Hoffenheim til 1899 Hoffenheim. Allerede i sin første sæson endte Hoffenheim som nummer 2 og rykkede dermed op i Bundesligaen, hvor klubben overraskende blev efterårsmester. I foråret kunne man dog ikke opretholde den gode form fra starten af sæsonen, og holdet måtte tage til takke med en syvendeplads i sin første sæson.

Op til sæsonstart 2019-20 solgte FC København sidste sæsons topscorer i Superligaen, Robert Skov, til klubben for en anslået pris mellem 75-90 millioner kr, hvilket på daværende tidspunkt (2019) gjorde Robert Skov til den dyreste spiller solgt fra Superligaen.