Sevilla FC blev dannet 25. januar 1890 og spillede sin første officielle kamp i 1890. Klubben blev snart en af de bedste i Sevilla, og i 1935 vandt klubben sin første spanske pokalfinale. Sæsonen 1939-40 var en stor sæson for klubben, hvor holdet i ligaen blandt andet vandt 11-1 over FC Barcelona og 10-3 over Valencia C.F., men blev i den sidste ende kun nummer to. Første og hidtil eneste spanske mesterskab kom i 1946.
Klubben har adskillige gange spillet i de europæiske turneringer og vandt i 2006 først UEFA Cuppen og dernæst UEFA Super Cup, da klubben besejrede henholdsvis Middlesbrough F.C. med 4-0 og FC Barcelona med 3-0. I den efterfølgende sæson 2006-2007 vandt klubben atter UEFA Cuppen, da de 2007 besejrede RCD Espanyol i finalen.
I 2014 vandt Sevilla UEFA Europa League finalen efter en sejr over portugisiske Benfica
Sidenhen har Sevilla vundet UEFA Europa League yderligere tre gange, i 2015, 2016 og 2020. Dermed er klubben det hold, der har vundet turneringen flest gange.
Uenigheder i klubbens tidlige år førte i 1909 til, at en udbrydergruppe dannede klubben Real Betis. Siden har der været en stærk rivalisering mellem de to klubber med stor fokus på klubbernes indbyrdes kampe. Ved starten på sæsonen 2006-07 har der været spillet 76 lokalopgør i La Liga med 34 sejre til Sevilla FC, 26 sejre til Real Betis og 16 uafgjorte kampe.
Sæsonen 2006/2007 var særdeles succesfuld for Sevilla. Ikke nok med at man spillede med om mesterskabet til sidste spillerunde, man genvandt UEFA Cuppen med en sejr i finalen over RCD Espanyol og vandt ligeledes den europæiske Super Cup. 23. juni 2007 blev det til sæsonens tredje trofæ, da Copa del Rey for første gang i 59 år blev vundet med en 1-0-sejr over Getafe CF.
Holdet blev ramt af en tragedie, da 22-årige landsholdsspiller Antonio Puerta døde 28. august 2007 af et hjertestop efter flere gange at være faldet om på banen og til træning.
I 2014 blev daværende president, José María Del Nido, idømt 7 års fængsel, som han afsoner i Huelva Fængsel for skatteunddregelse og hvidvaskning i sit job som advokat for den daværende Marbella-borgmester Jesus Gil og Julian Muñoz. Del Nidos søn har stadig en plads i klubbens bestyrelse.
